Le territoire national est découpé en unités de gestion, qui sont des territoires hydrographiques sur lesquels s'appliquent les rôles de gestionnaire et de contributeur expert.

Ainsi, le gestionnaire et le contributeur expert ne peuvent mettre en œuvre leurs droits spécifiques que sur ces territoires. Ils sont en revanche contributeurs sur l'ensemble des bassins couverts par la plateforme (puisqu'ils sont identifiés dans la plateforme).

Les unités de gestion ont été définies à l'origine suivant les contours des services de prévision des crues en France métropolitaine. En 2023, les unités de gestion sont réparties de la manière suivante :

• des unités de gestion où le gestionnaire est un service de prévision des crues. Les périmètres utilisés sont ceux de 2019 : les fusions ultérieures des SPC n'ont pas entrainé de modification des unités de gestion. Cela concerne les SPC fusionnés récemment (Bassins de Nord et Loire-Allier-Cher-Indre), qui sont gestionnaires sur les deux unités de gestion de leur territoire.

• trois Etablissements Publics Territoriaux de Bassin (EPTB) sont identifiés comme gestionnaires sur leur territoire de compétence, avec l'accord des SPC concernés. Il s'agit de l'EPTB Ardèche, de l'EPTB Sèvre Nantaise et de l'EPTB Saône et Doubs.

• les territoires ultra-marins (Guadeloupe, Martinique, Guyane, Mayotte, Réunion, Nouvelle-Calédonie) et la Corse sont chacun associés à une unité de gestion (sauf les collectivités d'outre-mer de Saint-Martin et Saint-Barthélemy qui sont rattachées à l'unité de gestion Guadeloupe).